Le Conseil d’administration de l’OFAJ prend les décisions concernant les mesures prioritaires, les programmes et les rapports et adopte les directives pour l’attribution des subventions. Il siège une fois par an alternativement en France et en Allemagne, ainsi qu’à chaque fois que les présidents, Gabriel Attal, ministre de l’Éducation nationale et de la Jeunesse, et la présidente Lisa Paus, ministre fédérale de la Famille, des Personnes âgées, des Femmes et de la Jeunesse, l’estiment nécessaire.